พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหมื่นอลงกฎกิจปรีชา ทรงเป็นต้นราชสกุล นิลรัตน ณ อยุธยา [1] ราชสกุลนี้ นับเป็นสกุลพระราชทานจากพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ลำดับที่ ๒๑๖๙ ในประเทศไทย เขียนได้เป็นตัวอักษรโรมันว่า "Nilaratna na Krungdeb" ผู้กราบบังคมทูลขอพระราชทาน คือ หม่อมราชวงศ์อวบ ตำแหน่งประจำหน้าที่การสมุหบาญชีกรมเสนาธิการทหารบก สำหรับบรรดาผู้ที่สืบสกุลโดยตรงลงมาจากพระเจ้าบรมวงศ์เธอ ชั้น ๒ กรมหมื่นอลงกฎกิจปรีชา (พระองค์เจ้านิลรัตน)

พระโอรส-พระธิดา มีรายพระนามเท่าที่รวบรวมได้ ดังนี้

• หม่อมเจ้าชายชุ่ม นิลรัตน มีโอรส คือ
  • หม่อมราชวงศ์อั้น นิลรัตน สมรสกับ นางเผือก นิลรัตน ณ อยุธยา มีธิดา คือ
    • หม่อมหลวงเนื่อง นิลรัตน
• หม่อมเจ้าชายโมรา นิลรัตน (ประสูติ พ.ศ. 2385 สิ้นชีพิตักษัยเมื่อวันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2430) ทรงเสกสมรสกับหม่อมราชวงศ์เสาวคนธ์ นิลรัตน มีบุตร ธิดา คือ
  • หม่อมราชวงศ์เล็ก นิลรัตน สมรสกับ หม่อมหลวงวงศ์ นิลรัตน (ราชสกุลเดิม ปาลกะวงศ์) มีบุตร ธิดา คือ
    • หม่อมหลวงนุ่ม นิลรัตน
    • พันตำรวจตรี หม่อมหลวงสวัสดิ์ นิลรัตน
    • หม่อมหลวงนิ่ม นิลรัตน
• หม่อมเจ้าชายหยอย นิลรัตน (ประสูติ พ.ศ. 2385 สิ้นชีพิตักษัยเมื่อวันที่ 10 กรกฎาคม พ.ศ. 2419)
• หม่อมเจ้าหญิงทับทิม นิลรัตน
• หม่อมเจ้าหญิงมรกฎ นิลรัตน (ประสูติ พ.ศ. 2394 สิ้นชีพิตักษัยเมื่อวันที่ 3 มีนาคม พ.ศ. 2452 พระราชทานเพลิง ณ วัดเทพศิรินทราวาส เมื่อวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2455) ทรงเสกสมรสกับหม่อมเจ้าชายอลงกรณ์ สุทัศน์ พระโอรสในพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหมื่นไกรสรวิชิต องค์ต้นราชสกุลสุทัศน์ มีบุตร 2 คน คือ
  • พระยาศรีวรวงศ์ (หม่อมราชวงศ์จิตร สุทัศน์)
  • พระยาวิชิตวงศ์วุฒิไกร (หม่อมราชวงศ์สิทธิ์ สุทัศน์)[4]
• หม่อมเจ้าชายพุฒ นิลรัตน[5] หรือ หม่อมเจ้าพุก บางแห่งก็ว่าชื่อหม่อมเจ้าชุ่ม ทรงผนวชเป็นพระภิกษุ (ประสูติ พ.ศ. 2398 สิ้นชีพิตักษัยเมื่อวันที่ 29 มีนาคม พ.ศ. 2438)
• หม่อมเจ้าชายวิเชียร นิลรัตน (ประสูติ พ.ศ. 2399 สิ้นชีพิตักษัยเมื่อวันที่ 16 เมษายน พ.ศ. 2419)
• หม่อมเจ้าหญิงแฉ่ง นิลรัตน (ประสูติ พ.ศ. 2401 สิ้นชีพิตักษัยเมื่อวันที่ 16 พ.ย. 2455 พระราชทานเพลิง ณ วัดสระเกศ เมื่อวันที่ 6 มีนาคม พ.ศ. 2467) มีหม่อมหลวงดาว นิลรัตน (ราชสกุลเดิม : ปาลกะวงศ์) เป็นมารดา หม่อมเจ้าหญิงแฉ่งทรงเป็นชายาในพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงพรหมวรานุรักษ์ องค์ต้นราชสกุลเกษมสันต์
• หม่อมเจ้าหญิงสวัสดิ์ นิลรัตน (ประสูติ พ.ศ. 2401 สิ้นชีพิตักษัยเมื่อวันที่ 28 มกราคม พ.ศ. 2475)
• หม่อมเจ้าหญิงสังวาล นิลรัตน
• หม่อมเจ้าหญิงจำเริญ นิลรัตน (สิ้นชีพิตักษัยวันที่ 12 มีนาคม 2456 พระราชทานเพลิงเมื่อวันที่ 16 เมษายน พ.ศ. 2457)
• หม่อมเจ้าหญิงสะบาย นิลรัตน ทรงเป็นหัวหน้าห้องเครื่องของพระวิมาดาเธอ พระองค์เจ้าสายสวลีภิรมย์ กรมพระสุทธาสินีนาฏ ปิยมหาราชปดิวรัดา
• หม่อมเจ้าหญิงสุวรรณ นิลรัตน (ประสูติ พ.ศ. 2407) ทรงมีพระนามลำลองว่า "ท่านหญิงแดง" ทรงเป็นชายาในพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงสรรพสาตรศุภกิจ องค์ต้นราชสกุลทองแถม
• หม่อมเจ้าหญิงจำรัส นิลรัตน (ประสูติ พ.ศ. 2410 สิ้นชีพิตักษัยเมื่อวันที่ 11 ตุลาคม พ.ศ. 2476) ทรงเป็นชายาในพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระสมมตอมรพันธุ์ องค์ต้นราชสกุลสวัสดิกุล
• หม่อมเจ้าหญิงอึ่ง นิลรัตน (สิ้นชีพิตักษัยเมื่อวันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2440)
• หม่อมเจ้าชายบงกฎ นิลรัตน
• หม่อมเจ้าชายปรีชา นิลรัตน
• หม่อมเจ้าหญิงประทุม นิลรัตน